吳慶年教授於1926年出生於日治下台南州北港街,為家中長子。七歲時進入北港公學校，十三歲考入台南州立嘉義中學校，那一年北港公學校只有他一人考上日本人佔大多數的嘉中。幼時聰明努力，勤讀漢詩、歷史小說、偵探小說、物理，體會人必需謙虛地看待自然、關心社會。嘉中畢業後有感於戰爭時制空權的重要性，及當時台灣沒有航空系，決定赴日本考國立宮崎大學航空工學科。在到宮崎的火車上，遇到了善良的伊藤良雄先生，自願當他的保證人，幫他找了一個農家當寄宿舍生，在整個留學期間對他照顧付出，令他深深體會「人生是要施，不是受」這一句話的真諦，也一直認為伊藤先生是父母與老師之外，一生最大的恩人。
1945年日本戰敗，年輕的他很高興能回歸『祖國』，抱有滿腹理想，經考試後編入台灣省立工學院(成功大學前身)機械工程系，住入南寮並被選為寮長。1947年二二八事件時，是成大的學生領袖，呼籲同學們起來，不能在歷史的重要關頭缺席，並領導行動，為了保護市民和學校師生，組織學生試圖營救被逮捕的同學。在事件升高後，馳援包圍嘉義水上機場的原住民部隊,共同對台灣的民主改革貢獻。
1948到1956年間執教於省立台中高工、彰化女子高中及彰化高工。1957年進入成功大學物理系任教，於1967及1975年分獲美國國務院/美在華教育基金會及行政院國科會資助，兩度赴佛羅里達州立大學進修，獲得理學院學士及碩士。1981至1983年任美國芝加哥大學費米研究所客座研究員，研究太陽能。1982參加芝大召開的原子能開發40周年記念大會，與念及費米長期曝露核放射線只活了53歲，深深體會核輻射對人體健康及生命危害之可怕，開始反省核能發電。
在從事物理教職之餘，用心關懷社會，以冀促進其進步發展。1977年為因應石油危機，與理學院張桐生院長共同成立「成大能源研究小組」，擔任總幹事，翌年舉辦台灣首次全國性太陽能研討會。1979年發起籌備「中華民國太陽能學會」，擔任創會理事兼秘書長。1986年為拯救受到汙染破壞的台灣環境，與台大等教授發起「台灣環境保護聯盟」。1989年為促進學術獨立、校園民主與教授治校，發起「成功大學教授聯誼會」，擔任創會理事兼仲裁委員會召集人。1988年為推動大學學術自由、校園民主與自治管理，與台大等校教授發起「大學教育改革促進會」，擔任創會理事。1989年發起九二八新大學法大遊行，是台灣戰後首次大學教授與學生的聯合遊行。1990年在中正紀念堂廣場的野百合學運，被推擔任學生顧問團六人原始成員之一。1991年與全國大學教授發起「台灣教授協會」。
1995年從成大退休，之後仍然在物理系兼課。上課時除了一般性的講解及發講義，並用表演實驗的方式加深印象，也會透過自己寫的物理詩來啟發同學從科學來省思人文社會的情懷。近十多年來，有感於能源與環境的危機及保護台灣日益惡化的環境，大力推動使用清潔且可再生的能源，未來的地球與子孫才得以永續發展。2000年起擔任中華民國太陽能學會理事長兩屆，次年任總統府科技諮詢委員兼永續發展組副召集人，大力推動以太陽能為本源的綠色科技及產業的發展。2004年獲得台灣第二屆「太陽能及新能源貢獻獎」。1997年甘冒當時的諸多大不韙，以理學院教授身分第一次主催了成大228五十周年研討會。2012年日本NHK電視台製作的台灣原住民日本兵的專輯中，也揭露青年學生與原住民並肩作戰的這部分史實。
1956年父親與同鄉的母親張美得女士結婚，結縭60載夫妻恩愛，育有二女一子。對子女親和慈愛、諄諄教誨，亦師亦友，以正直純樸，勤奮踏實，熱心助人，寬以待人以身作則，留下美好的榜樣。獨子元功在美拿到博士之後回國任教交通大學，于2007年底英年去世令他深為慟心。
爸爸個性爽朗豪邁，幽默風趣，熱愛生命，豁達積極,興趣廣泛，上至天文下至地理無所不談，與他相處如沐春風之中。對兩個孫女親愛慈祥，中英文並用，祖孫互動融洽,親情洋溢。爸爸勤於做詩，寫文章，一心想留下腹中所學，在書房秉燈夜思，撚鬚措字遣辭的情景歷歷在目。勤於買書讀書，活到老學到老。喜歡研究地理，與家人旅行，足跡踏遍台灣、美加、日韓、歐洲、澳洲。隨身攜帶相機，興致勃勃記錄所見所聞。閒時蒔花種樹，在庭院中靜觀自得，也常隨興以雄渾歌聲唱日本歌。
爸爸是性情中人，一片赤子之心，用心來生活，胸懷宇宙，悲天憫人。一生愛人、愛家、愛國、愛社會、愛環境、愛子孫。是個好丈夫、好父親、好老師、好同事、好朋友、好祖父。心中總是關懷周圍的人、周圍的環境，周圍的人也愛他。做任何事情都全力以赴，興致盎然。直至去年7月中風之前，依然非常活躍地參與各種活動。爸爸經歷戰亂，不遺餘力的付出於社會、環保、反核運動，數十年來堅持不變，即使近九十歲的高齡，也無法阻擋他為社會工作奮鬥的理念，令人佩服感動。
爸爸盡情盡性過了豐富充實的一生,已息了世上的勞苦，進入永恆的天家安息。我感謝神賜給我這麼好的爸爸。在世上他為我們樹立了美好的風範，因為他的熱心，關懷，努力，世代覺醒和無私奉獻，我們的世界更美好。爸爸，我們懷念您，您豪邁爽朗的笑聲與慈容，將永遠留在我們的心中。
最後僅附一詩，藉以追思：
慶臨吳家曜日昇， 年降春霖慈輝映
教研物理陽能展， 授業解惑英才育
心繫家國環保功， 胸懷宇宙赤子情
長留風範子孫福， 天人合一蒙主恩
長女 吳秀華 謹誌
2016年7月3日